Nacido en Isnotú, localidad del Municipio Rafael Rangel del estado Trujillo, el 26 de octubre de 1864. Por línea materna, descendía del Cardenal Francisco Jiménez de Cisneros , quien fuera fundador de la Universidad de Alcalá; y por vía paterna, a través del linaje de un tío bisabuelo, se emparentaba con el Santo Hermano Miguel, eminente educador y escritor, miembro de la Academia Ecuatoriana de la Lengua, y correspondiente de la Real Academia Española.  

      Cuando ingresó a la Universidad Central de Venezuela (UCV) para iniciar estudios de medicina, José Gregorio tenía 17 años, y fue el estudiante más destacado en la carrera de medicina. Al graduarse con el título de Doctor en Medicina, el 29 de junio de 1888, era dueño ya de inconmensurables conocimientos, hablaba inglés, francés, portugués, alemán e italiano y dominaba el latín; y tenía conocimientos de hebreo, era filósofo, músico y tenía además profundos conocimientos de teología.

         Hernández se radicó en Isnotú hasta el 30 de julio de 1889, luego de ejercer consecutivamente entre los tres estados andinos venezolanos. Regresaba de San Cristóbal y Mérida, cuando se encontró con una carta de su maestro, Calisto González, donde decía que lo había recomendado al presidente de la República Juan Pablo Rojas Paúl para que fuera a París a estudiar ciertas materias experimentales y así contribuir a la modernización de la medicina venezolana, porque creía que reunía las condiciones para tal misión, y que debía trasladarse a Caracas y dispuesto a seguir viaje a Europa.

      En noviembre de 1889, José Gregorio Hernández ya se encontraba cursando estudios en los laboratorios de Charles Robert Richet, profesor de Fisiología Experimental en la Escuela de Medicina de París y quien a su vez había sido colaborador de Étienne Jules Marey y discípulo de Claude Bernard, reconocido de la medicina experimental en Francia. En el laboratorio de Mathias Duval estudia las áreas de Microbiología, Histología Normal, Patología, Bacteriología, Embriología y Fisiología Experimental, entre otras.

          También participó en su formación Isidor Strauss, que había sido discípulo de Émile Roux y Charles Chamberland quienes lo fueron a la vez de Louis Pasteur, todos ellos precursores de la Bacteriología. Posteriormente se traslada a Berlín para estudiar Histología y Anatomía patológica, a su vez que inicia un nuevo curso de Bacteriología.

       Culminados sus estudios, Hernández regresa a Venezuela a fin de ingresar como profesor en la Universidad Central de Venezuela en Caracas; además, aprovecha para traer de Europa equipos médicos al Hospital Vargas, por instrucciones del gobierno venezolano. A él se debe la introducción del microscopio en Venezuela.

       En 1891, Hernández regresa de Europa y, en el mes de noviembre de ese año, comienza su actividad como docente en las cátedras de Histología Normal y Patológica, Fisiología Experimental y Bacteriología, de la Universidad Central de Venezuela (UCV), convirtiéndose en el fundador de ambas. Además, al concluir sus estudios de postgrado en París y Berlín, le fue delegada la responsabilidad de adquirir, con recursos del estado venezolano, los materiales necesarios para instalar el Laboratorio de Fisiología Experimental de Caracas, así como la adquisición de la bibliografía que fuera necesaria para la apertura de las cátedras mencionadas en la UCV.

       El 14 de septiembre de 1909 es nombrado profesor de la cátedra de Anatomía Patológica Práctica, la cual funcionó anexa al Laboratorio del Hospital Vargas, y de la cual se encargó hasta la creación de la cátedra de Anatomía Patológica de la Universidad Central, con asiento en el Instituto Anatómico, y que fue regentada por el doctor Felipe Guevara Rojas, en 1911. Por otra parte, fue el fundador de la cátedra de Bacteriología, la primera de esta disciplina en América, y la primera persona en Venezuela en publicar un trabajo de dicha disciplina (Elementos de Bacteriología, 1906). También escribió sobre la angina de pecho de naturaleza paludosa junto a Nicanor Guardia, y en 1893 publicó en varios números de la Gaceta Médica. Además de 11 trabajos publicados y dos que quedaron inéditos en el campo científico, escribió cinco obras literarias. Una de ellas, La verdadera enfermedad de Santa Teresa de Jesús escrita en 1907, quedó inconclusa; las demás, El Sr. Nicanor Guardia (1893), Visión de arte (1912), En un vagón (1912) y Los maitines (1912)

    El 29 de junio de 1919 en horas de la tarde, José Gregorio Hernández salió a la esquina de Cardones a atender a una enferma, pero no pudo llegar porque fue atropellado por Fernando Bustamante (un joven mecánico de 28 años de edad, dueño de un Essex) en la esquina de Amadores, La Pastora, Caracas, Venezuela. El Doctor Hernández cayó golpeándose la cabeza contra el filo de la acera, lo que ocasionó una fractura en el cráneo. 

    Constatando su fama entre algunos creyentes, la Iglesia católica en Venezuela inició en el año 1949 el proceso de beatificación y canonización, conducido por el arzobispo de Caracas, El Excmo. Mons. Lucas Guillermo Castillo ante la Santa Sede. En el año 1972, la santa sede reconoce que José Gregorio vivió una vida virtuosa y ejemplar, por ello le concedió el primer título que la Iglesia Católica da en el camino hacia la santidad que es Siervo de Dios. Luego de iniciar el proceso, y completados los primeros casos, José Gregorio Hernández fue nombrado «venerable» por el papa Juan Pablo II el 16 de enero de 1986.

     El 27 de abril de 2020 la Arquidiócesis de Caracas anunció que la Comisión Teológica de la Ciudad del Vaticano aprobó el milagro del venerable doctor José Gregorio Hernández en la curación de Yaxury Solórzano Ortega una niña de 10 años de edad que recibió un tiro en la cabeza durante un asalto a su padre en fecha 10 de marzo de 2017. Para 18 de junio de 2020, el Papa Francisco aprobó el decreto que reconoce el milagro atribuido al venerable Doctor José Gregorio Hernández, que abre el paso a la futura beatificación. La Iglesia decretó la ceremonia de beatificación de José Gregorio Hernández para el 30 de abril de 2021

    Hoy 30 de abril, la comunidad universitaria se llena de regocijo y orgullo por la beatificación de José Gregorio Hernández. El Médico de los Pobres que ha permanecido en la conciencia de cultura e historia venezolana como profesor, Médico, Hombre de Ciencia, ejemplo de fe e individualidad comprometida al servicio como un sagrado deber 

   Desde esta su casa de estudios, queremos honrar la memoria a la trayectoria del Doctor José Gregorio Hernández, elevando una plegaria por su pronto reconocimiento como modelo de santidad para la Iglesia Católica Universal.